Mikołajki ściągają do siebie przede wszystkim amatorów żeglarstwa i sportów wodnych, a przecież pobyt w taki daje wspaniałą okazję do zapoznania się z bogactwem lokalnej flory i fauny. W promieniu zaledwie kilku kilometrów od Mikołajek znajduje się szereg miejsc unikalnych pod względem flory lub fauny. Mikołajki sąsiadują z terenami Mazurskiego Parku Krajobrazowego. Został on utworzony na mocy uchwał Wojewódzkich Rad Narodowych w Suwałkach i Olsztynie w grudniu 1977 r. w celu zachowania wartości przyrodniczych tego obszaru dla potrzeb nauki, dydaktyki i turystyki kwalifikowanej. Obecnie MPK w całości znajduje w województwie warmińsko-mazurskim. Powierzchnia Parku wynosi 55.000 ha, a jego strefy ochronnej ok. 18.000 ha. Z tego lasy zajmują ponad 29.000 ha, a rzeki i jeziora ok. 17.000 ha. Reszta to użytki rolne i tereny zabudowane.Mazurski Park Krajobrazowy położony na styku dwóch odmiennych form geomorfologicznych, moreny czołowej i sandrów, chroni bogactwo i różnorodność świata roślin i zwierząt, obfitość lasów, torfowisk, jezior i wód płynących. Przyroda Parku to m.in.:
- ponad 60 jezior, w tym największe jezioro w Polsce - Jez. Śniardwy
- rzeka Krutyń uznana za jeden z najciekawszych szlaków kajakowych w Europie
- ok. 850 gatunków roślin naczyniowych
- bogata fauna i ponad 200 gatunków ptaków
- 11 rezerwatów przyrody, w tym rezerwat biosfery - Jez. ŁuknajnoOd kilku lat trwają przygotowania do utworzenia na części obecnego Parku Krajobrazowego Mazurskiego Parku Narodowego. Niewielkie odległości sprzyjają wycieczkom rowerowym i pieszym, które urozmaicą i umilą czas spędzony w Mikołajkach. Na mapie zaznaczono miejsca warte odwiedzenia.

Unikalne gatunki roślin
Uważny obserwator przyrody wypatrzy rzadkie, interesujące gatunki roślin, pochodzące często z różnych obszarów klimatycznych. Do najciekawszych należą:
gatunki arktyczne: jałowiec halny i turzyca patagońska;
gatunki północne: pochodzących z tajgi syberyjskiej i północnej Skandynawii: wierzba lapońska i borówkolistna, brzoza niska, bagno zwyczajne, turzyca kulista i życicowa oraz grzybień północny;
gatunki środkowoeuropejskie: grab zwyczajny, dąb, wiąz górski, lipa drobnolistna, klon, jesion wyniosły, cis pospolity, buk zwyczajny, sasanka wiosenna, arnika górska, grzybień biały, i in.;
gatunki ciepłolubne: goździk piaskowy, zawilec wielkokwiatowy, spacerata piaskowa, szczodrzeniec rozesłany
gatunki południowo-syberyjskie: lepnica zielonawa, kuklik sztywny, koniczyna łubinowata, dzwonecznik wonny.


Lasy
Lasy na obszarze gminy Mikołajki, to głównie zwarty kompleks Puszczy Piskiej rozciągający się od południowego skraju miasta, wzdłuż zachodniego brzegu jeziora Mikołajskiego, przez otoczenie jeziora Bełdany do południowych brzegów Śniardw. Amatorzy grzybobrania i jagód na pewno nie będą się nudzić.


Park Dzikich Zwierząt w Kadzidłowie
Położony w Puszczy Piskiej na terenie Mazurskiego Parku Krajobrazowego. Można tam zobaczyć zwierzęta występujące w mazurskiej kniei (jelenie, sarny, łosie, wilki, bobry, żurawie) oraz inne, rzadko występujące. Bilety od 3 do 10 zł.
Dojazd z Mikołajek: w kierunku Ukty (i Rucianego Nidy), po około 10 km, za wsią Bobrówko należy skręcić w prawo w drogę leśną. Przy zjeździe tablica informacyjna.


Stacja Badawcza PAN w Popielnie
W stacji prowadzone są badania m.in. nad dziko żyjącym tarpanem, jeleniem i bobrem. Możliwość zwiedzenia muzeum stacji (należy umówić się telefonicznie tel. 087 423 15 19). Część stada tarpanów żyje na wolności w lesie na półwyspie.
Dojazd z Mikołajek: drogą gruntową przez las do promu (5 km) przez J.Bełdany do Wierzby, a następnie prosto w kierunku Popielna (2 km).


Stacja Badawcza Instytutu Parazytologii PAN w Kosewie (Ferma Jeleniowatych)
Placówka prowadzi badania nad zwierzętami jeleniowatymi. Na terenie fermy można zobaczyć: jelenie szlachetne, daniele, muflony, sarny, koniki polskie, koniki Przewalskiego oraz egzotyczne jelenie milu.Dojazd z Mikołajek: w miejscowości Kosewo skręcić w lewo na Bobrówko, następnie w miejscowości Kosewo Górne jeszcze raz w lewo (tablica kierunkowa) - dojazd ok. 20 km.


Rezerwat na Jeziorze Łuknajno
Rezerwat "Jezioro Łuknajno" - objęte ochroną już od 24.07.1937 r.; po wojnie w 1947 r. uznano Łuknajno za rezerwat ornitologiczny. W 1977 r. włączono rezerwat do międzynarodowej sieci rezerwatów biosfery pod egidą UNESCO. Rok później uznano ważnym obszarem wodno-błotnym na świecie dla życia i rozrodu ptaków wodnych w ramach konwencji RAMSAR. Rezerwat ten o pow. 709,97 ha położony jest 5 km na wschód od Mikołajek. Ptaki rezerwatu to gatunki lęgowe oraz zatrzymujące się na przelotach i zimowaniu. Łuknajno jest największym skupiskiem łabędzia niemego w Polsce, liczącego w okresie przelotów do 2.500 ptaków.
Licznie występują tu łyski, perkozy: dwuczube, rdzawoszyje, zauszniki i perkozki, kaczki krzyżówki i rzadkie w Polsce hełmiatki. W przybrzeżnych szuwarach i trzcinowiskach występują: wodnik, kokoszka wodna, kureczka nakrapiana, z czapli: bąk bączek i czapla siwa. Do rzadkich gatunków gnieżdżących się w trzcinach należy wąsatka. Nad jeziorem zobaczyć można polujące bieliki, rybołowy i kanie rdzawe. Z ssaków na uwagę zasługują rzęsorek rzeczek, karczownik ziemnowodny, norka amerykańska, jenot, dzik oraz przechodni łoś.
UWAGA: poruszanie się w rezerwacie jest dozwolone wyłącznie po wyznaczonej trasie. Wycieczki grupowe mogą zwiedzać rezerwat za zgodą dyrektora Parku.
Dojście z Mikołajek: prosto ul. Łabędzia przechodzącą w drogę gruntową do kanału łączącego jezioro Łuknajno z jeziorem Śniardwy; Trasa liczy około 5 km.

Prom na Wierzbę
Prom samochodowo-pasażerski kursuje przez Jezioro Bełdany od maja przez cały sezon, w dni powszednie od 7.00 do 17.00, w niedziele od 8.00 do 14.30).